עד התפתחותן הענפה של תוכנות המחשב והאפליקציות, התרכזו דיני זכויות יוצרים בהגנה על יצירות "מסורתיות" כגון יצירות ספרותיות ואומנותיות. ההתפתחות האדירה בתחומי המדע, המחשבים והטכנולוגיה, הביאה להכרה בצורך להגן על גם על תוכנות מחשב ואפליקציות כיצירות חדשות. עם זאת, התעוררה השאלה תחת איזו מטרייה תוענק ההגנה על יצירות חדשות אלה.
מתוך כלל ההגנות האפשריות על תוכנות מחשב ואפליקציות, שלשה סוגי הגנות מרכזיים עומדים על הפרק:
א. מדגם – אשר מעניק הגנה על העיצוב של מסכי התוכנה (UI) והאיקונים (צלמיות).
ב. פטנט – אשר מגן על הרעיון העומד בבסיס התוכנה.
ג. זכות יוצרים – אשר מגן בדרך כלל על קוד המקור של התכנה.
מאחר וניתן למצוא באפליקציות ותוכנות הן מן היצירתיות והן מן האמצאה החדשנית והפונקציונאלית. המאפיינים הסמליים של תוכנות מחשב או אפליקציות לצידם של המאפיינים הפונקציונאליים שבהן, תרמו לטשטוש הגבולות בין סוגי הדינים (מדגם, פטנט וזכות יוצרים).
באופן מסורתי דיני הפטנטים הם אלה אשר עוסקים בהתפתחויות טכנולוגיות, אולם הפסיקה בישראל צעדה בעקבות הפסיקה באירופה אשר קבעה כי מן הראוי שתוכנת מחשב תוגן בזכות יוצרים ודינה יהא כדין יצירה ספרותית. לאור הלכה זו, התקבל חוק לתיקון פקודת זכות היוצרים [חוק לתיקון פקודת זכות יוצרים (מס' 5), התשמ"ח – 1988] וגם בישראל נקבע כי דינה של תוכנת המחשב יהא כדין יצירה ספרותית, כדלקמן:
"1. אחרי סעיף 2 לפקודת זכות יוצרים (להלן – הפקודה), יבוא:
2א. לעניין זכות יוצרים, דין תוכנה של מחשב כדין יצירה ספרותית כמשמעותה בחוק זכות יוצרים, 1911"
הסכם TRIPS אשר נחתם בשנת 1993, נועד ליצור סטנדרטים בעולם בתחום של קניין רוחני במדינות החברות בארגון הסחר העולמי .(WTO) הסכם בינלאומי זה נחשב מחייב ביותר שכן מטרתו הינה להסיר קשיים העשויים להתעורר בסחר בין לאומי בקניין רוחני ולקדם חידושים טכנולוגיים. גם במסגרת הסכם זה הוחלט באופן רשמי כי ההגנה המשפטית המתאימה ביותר עבור תוכנות מחשב ואפליקציות היא זכות היוצרים:
"Article 10
Computer Programs and Compilations of Data
1. Computer programs, whether in source or object code, shall be protected as literary works under the Berne Convention (1971)".
[Agreement of Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights, Annex 1C Marrakesh) Agreement Establishing the World Trade Organization, , נחתם במרוקו בתאריך 15.4.1994(]
בשנת 1999 ישראל תיקנה החקיקה המקומית פעם נוספת על פי הוראות ההסכם, לרבות ההוראה בדבר הגנת זכות היוצרים על תוכנת מחשב . [חוק לתיקון דיני הקניין הרוחני (התאמה להוראות הסכם הטריפס), תש"ס–1999]
זכות היוצרים בתוכנת מחשב הוכרה לראשונה בישראל במסגרת פסק הדין בעניין Apple נ' ניו-קוב. רק בשנת 1988 עוגנה הזכות מפורשות בתיקון לפקודת זכות יוצרים, 1924, שקבע כי "לעניין זכות יוצרים, דין תוכנה של מחשב כדין יצירה ספרותית כמשמעה בחוק זכות יוצרים, 1911". מכוח קביעה זו, נהנו תוכנות המחשב מכל הזכויות הכלכליות שהיו נתונות לבעליהן של יצירות ספרותיות.
ההכרה כי דין תוכנת מחשב כדין יצירה ספרותית נשמרה גם בחוק זכות יוצרים, כאשר בסעיף 1 לחוק נקבע, כי תוכנת מחשב היא יצירה ספרותית. באשר להגדרת המונח "תוכנה של מחשב", הרי שזו שונתה ובסעיף 1 לחוק נקבע, כי "תכנת מחשב" משמעה "תוכנת מחשב בכל צורה שבה היא מבוטאת".
בהתאם לפסק דין תא (ת"א) 38918-12-09 דנ-אל פתרונות תוכנה מתקדמים בע"מ נ' גיל סנפיר (פורסם בנבו): הגנת זכויות היוצרים על תוכנות מחשב משתרעת הן על סוגי קודים שונים (כגון קוד מקור, קוד יעד או קוד הניתן להרצה על מערכת המחשב), הן על אופני ביטוי נוספים של תוכנות מחשב, כגון אלוגריתמים ותרשימי זרימה, וכן כי ההגנה אינה תלויה במדיום שהתוכנה מאוחסנת בו – תקליטורים, זכרון המחשב או רכיבי חומרה אחרים. הגדרה זו הינה רחבה מההגדרה שנהגה בפקודת זכות יוצרים, 1924, אשר תאמה את הסכם טריפס ואשר לפיה תוכנה הייתה מוגנת בין שהיא תוכנת מקור, דהיינו התוכנה כפי שנכתבה בשפת תכנות ובין שהיא קוד יעד, דהיינו התוכנה כפי שתורגמה באמצעות מהדר כדי שתהייה קריאה למחשב.
