לאחר הגשת בקשה לרישום סימן מסחר, הבקשה מקבלת מספר סידורי המאפשר זיהוי של הבקשה ומעקב אחר תהליך הרישום והבחינה. הבקשה נבחנת לפי סדר המספרים הסידוריים ואולם, מבקש הסימן יכול להגיש בקשה לבחינה מהירה של הסימן וככל שזו תאושר, הבקשה תעלה בסדר העדיפויות של הרשות. בכדי שבקשה לבחינה מהירה(בחינה על אתר) תאושר, על המבקש לשלם אגרה מתאימה ולצרף תצהיר המפרט טעמים טובים וסבירים לבחינה המהירה של הסימן.
במסגרת הליך בחינת הבקשה, בוחן סימני המסחר מבצע חיפוש בין סימני המסחר הרשומים והבקשות התלויות על מנת למצוא אם קיימים סימנים אחרים בעלי דמיון העולה עד לכדי הטעיית הצרכן לסימן המבוקש (בהתאם למבחן המשולש). נוסף על כך, הבוחן עומד על אופיו המבחין המולד או הנרכש של הסימן המבוקש לגבי הסחורות והשירותים שאותם הוא נועד לסמן.
לבסוף הבוחן בודק אם יש מניעה אחרת לרישום סימן המסחר מהעילות הרשומות בפקודת סימני המסחר. הבוחן בודק האם הסימן המבוקש נכלל באחת הקבוצות אשר פקודת סימני המסחר מציינת לגביהם, כי אינם כשרים לרישום.
רוב העילות לסירוב רישום סימן מצויות בסעיף 11 לפקודת סימני המסחר: דוגמאות בודדות הן, סימנים אשר מרמזים לאסוציאציה עם מוסד נשיא המדינה; סימנים הנושאים דגלים או סמלים של מדינות ומוסדותיהם; סימנים אשר נושאים תמונה של אדם ללא קבלת הסכמתו; סימן המציין מקור גיאוגרפי של טובין שבמקור, אינם כלל מאותו מקור גאוגרפי; סימנים הדומים עד לכדי הטעייה לסימנים רשומים ועוד..
ככל שבמסגרת הליך הבחינה מתגלה שהסימן המבוקש לא עומד באחד או יותר מהתנאים המפורטים לעיל, הבוחן יעביר למבקש את הסתייגויותיו מרישום הבקשה והמבקש יצטרך לענות על ההסתייגות במטרה להוכיח לרשם שהסימן המבוקש אכן עומד בתנאים המפורטים בדין.
בהתאם לכך, הבוחן ייתן את החלטתו בבקשה תוך שהוא מקבל את הסימן לרישום באופן מלא או דורש מהמבקש להגיש הודעת הסתלקות לגבי חלק מהסימן המבוקש שלא תינתן עבורו הגנה. כמובן שהבוחן עלול לא להשתכנע ולסרב לרשום את הסימן.